细菌存在于 根尖周 炎 牙髓病灶的组织切片 中

格微 ® 甄选 菌种特异性 16S FISH探针设计服务

Ø 从 198 万条已知的全部 16S数据库 中，评测 目标微 生物全部可能的 FISH探针，报告出特异性最佳的一条，以及可能的错配（基于目前全部的 198 万条 16S序列）。

Ø 如单条 FISH探针，特异性不佳（很难精确到菌种），则评估双FISH探针（两条目标区域独立、不重合的1 6 S FISH探针）的特异性情况，给出详细的解读报告。

Ø 介于 2 3 S已知序列条数约2 2 . 7 万条，只有 1 6 S已知序列1 /10 的数量，AG亚游 FISH探针的设计都基于1 6 S序列开展。

AG亚游生物尽力为客户提供最佳的细菌 特异性探针为目标 ，利用当前较为完善的数据库系统及自身开发的程序完成对16S序列数据库全面 筛选匹配，协助科研客户挑选出特定菌种特异性最佳的探针 。 咨询电话： 021-50763698。

细菌 FISH检测的原理

细菌 FISH检测 是以微生物中较稳定的 rRNA (主要是16S和23S) 作为分析的目标，以rRNA序列设计探针进行杂交，对待检测的微生物分布情况和特征性的微生物进行鉴定与定量分析，提供微生物形态学、空间分布和生物体的细胞数量等信息。

FISH杂交模式图 新型寡聚核苷酸荧光原位杂交：发展与应用 2023年

样本类型

粪便、土壤、水样、昆虫、植物根部、口腔唾液、肿瘤组织等

FISH探针设计、评估报告

1. 单探针效果很好，乙方提供单探针设计、项目报告。提供序列信息和探针。

Dubosiella newyorkensis 单探针特异性较好

目标物种名称： Dubosiella newyorkensis ，属于目标物种的16S序列有 2 条 （下称目标16S序列库）， Dubosiella 的物种有 310 条 ，属于非目标物种的序列有 17961 88 条 （下称非目标序列库）。

单 探针在库中匹配情况统计：

2. 单探针效果不好，乙方在设计过程中自动升级提供双探针设计、项目报告。提供序列信息和探针。

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi 单探针设计不好，双探针显著改善。

目标物种名称： Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi ，属于目标物种的 16S 序列有 96 条（下称目标 16S 序列库）， Salmonella enterica 的物种有 1792 条，属于非目标物种的序列有 1796094 条（下称非目标序列库）。

设计的第一条探针 在库中匹配情况统计 ：

设计的第二条探针 在序列库中匹配情况统计 ：

两条探针分别匹配数据库后，共同击中非目标序列库的序列条数：

说明：

1. p*n_ 非目标 mismatch*_ count ：探针 prob1 或 2 与 非目标序列库 进行匹配，分别统计 mismatch 为 0.1.2.3 时的序列条数。

2. p*_start ：探针 prob1 或 2 在 16S 序列上的起始位置。

3. p*_ 目标 mismatch*_count ：探针 prob1 或 2 与 目标 16S 序列库 匹配的条数，分别统计 mismatch 为 0.1.2.3 时的序列条数。

4 .p*_ 目标 mismatch*_percent ：探针 prob1 或 2 与 目标 16S 序列库 匹配 序列 条数 对应 的百分比，分别统计 mismatch 为 0.1.2.3 时的序列条数的百分比。

建议：单条 FISH探针特异性较差，如需提高特异性，建议合成第二条探针（标记不同荧光），进行双FISH探针杂交检测。

文献解读 一、特异性荧光原位杂交探针的设计

鼠李糖乳杆菌 Probio-M9的特异性荧光原位杂交探针设计及应用 2021

目的 为了研究特定菌株在宿主肠中的定植和精确定位，使用荧光原位杂交定位鼠李糖乳杆菌 Probio – M9。

实验设计

1. 鼠李糖乳杆菌种水平特异性探针（ Probe-16S）设计

根据现有的乳杆菌的基因组信息， 筛选鼠李糖乳杆菌基因组的特定片段，根据鼠李糖乳杆菌的 16S 序列设计了特异性探针（ 5’-CGCCGACAACAGTTACTCTGCCGACC-3’）， 并在5’端用6-羧基荧光素（6-FAM）荧光基团修饰。杂交优化后，使用鼠李糖乳杆菌的15个代表性菌株和乳杆菌相关属的15个代表性菌株和乳杆菌相关属的15个代表性菌株测试了探针16S的特异性。

2. 鼠李糖杆菌 Probio-M9菌株水平特异性探针（Probe-SP）设计

根据现有乳酸杆菌的基因组信息， 首先筛选鼠李糖乳杆菌基因组的特定片段，然后将鼠李糖乳杆菌不同菌株的基因组与 Probio-M9 菌株的基因组进行比较和分析，以筛选特异性基因组片段。基于该片段，设计了 Probio-M9菌株的水平特异性探针（5′-CCAACTGACGCCTTCACTTCG）。 使用鼠李糖乳杆菌的15个代表性菌株和来自乳杆菌的相关属的15个代表性菌株测试探针-SP 的特异性。

结果展示

本研究针对鼠李糖乳杆菌 Probio-M9 和其它相关物种的基因组序列 ， 分别设计了种水平特异性探针（ Probe-16S）和菌株水平特异性荧光原位杂交探针（Probe-SP），并通过对15株鼠李糖乳杆菌菌株和15株其它益生菌进行探针特异性的验证；同时结合荧光 D -氨基酸（FDAA）代谢探针，在大鼠的肠道中检测到鼠李糖乳杆菌Probio-M9的活细胞。本方法在在摄入鼠李糖乳杆菌Probio-M9菌株后可利用该探针检测及定位宿主肠道内的鼠李糖乳杆菌Probio-M9， 为以后开发和利用Probio-M9提供更多的理论依据。

二、 荧光原位杂交确定肿瘤内微生物的存在

Intratumoural microbiome can predict the prognosis of hepatocellular carcinoma after surgery 2023

实验目的及实验设计 使用荧光原位杂交 法测定 了肿瘤内微生物组的存在，并用 16S rDNA测序 法研究 了肿瘤和邻近正常组织中的微生物群落 分布 。对配对组的微生物特征进行了 鉴别 ，并进一步研究了它们与临床特征的相关性 。用 肝型对肿瘤组织的微生物特征进行 分 类，进一步分析 了 肝型的独立预后价值 。

部分 结果展示 肝癌中存在微生物

为了揭示 肝癌 中微生物 群 的存在，使用 UB388探针对肿瘤样本进行FISH 检测 。

（图 A ）通过检测 FISH信号证实了肝细胞癌中 存在 细菌。 EUB388探针（红色）和DAPI（蓝色）染色的肿瘤样品中细菌16S rRNA的FISH分析。

（图 B ） 表明 一些 FISH信号 存在于 CD8+细胞中，表明CD8+细胞 中 存在细菌。 细菌 16S rRNA与免疫细胞共染色。CD8+T细胞用粉色(B)标记 。

（图 C ） CD68+巨噬细胞 倾向于 分布在瘤内微生物更丰富的区域， 提示 瘤内微生物组可能影响 肝癌 中巨噬细胞的浸润。 巨噬细胞用绿色 (C)标记。

肿瘤和邻近正常组织 中 不同 的 微生物 分布

对 91名 肝癌 患者的肿瘤 样本 和邻近样本进行检查。 肝细胞癌 (HCC)肿瘤和邻近正常组织中微生物组的表征。

（ 图 A ） а -多样性显示肿瘤和邻近组织之间没有显着差异（p= 0. 436）。

（图 B ） β多样性揭示了肿瘤组和正常组之间的显着差异（p< 0. 001）。

（图 C ） PLS-DA揭示了两组之间的多样性。四个细菌门（变形菌门、放线菌门、厚壁菌门和奇球菌-栖热菌门）占序列的90%。

（图 D ）四个门在肿瘤和邻近正常组织中均占 优势 。

本实验中使用 荧光原位杂交确定了肿瘤内微生物组的存在 ，具有特异性好 、 定位准确 、 检测时间短 ， 试验周期短等的优势，更适于肿瘤样本微生物多样性的检测。